Hola armando
Yo utilizo adobe acrobat CS los escaneo todos desde el mismo programa y luego en el menu de archivo hay una opcion llamada "automatizacion" y ahi seleccionas pdf, entonces añades los archivos escaneados y los ordenas segun las páginas y das crear y listo
es muy facil, y el programa lo consigues en Ares o Emule
cualquier duda me dices
chucho.
PD(si quieres puedes enviarme el link de los archivos o los archivos y yo los convierto).