Bueno, para convertirlos necesitas tres cosas:
1ero el archivo CUE que viene con los ape o con los flac;
2do un programa para partir el flac, yo uso el Medieval CUE Splitter v1.2,
3ero un programa para convertir las pistas ya cortadas flac o cue en mp3s, uso Free Mp3 Wma Converter o a veces el XRECODE II, son buenos los dos, ah para poder convertir en alta calidad los mp3s vas a tener que buscar algún codec, siempre use el LAME
Todo eso está en internet. Luego es censillo, arrastras el cue al partidor, y convertis las pistas, simple, si tenes dudas me decis y soy más claro, saludos.